Titelaufnahme

Titel
Optimierung der DNAzyme-katalysierten H2O2-vermittelten Oxidation von 3,3',5,5'-Tetramethylbenzidin und deren potenziellen Anwendung für einen Aptamer basierenden Biosensor für Mykotoxine / Kerstin Quirchmayr
Weitere Titel
Optimizing a DNAzyme catalyzed H2O2-mediated oxidation of 3,3',5,5'-Tetramethylbenzidine and its potential application for an aptamer based biosensor for mycotoxins
VerfasserQuirchmayr, Kerstin
Begutachter / BegutachterinMach, Robert ; Brunner, Kurt
ErschienenWien, 2015
Umfang65 Seiten : Illustrationen, Diagramme
HochschulschriftTechnische Universität Wien, Diplomarbeit, 2015
Anmerkung
Abweichender Titel nach Übersetzung der Verfasserin/des Verfassers
Zusammenfassung in deutscher Sprache
Text in englischer Sprache
SpracheEnglisch
DokumenttypDiplomarbeit
Schlagwörter (DE)Aptamere / Aflatoxin B1 / Biosensoren
Schlagwörter (EN)aptamer / aflatoxin B1 / biosensor
URNurn:nbn:at:at-ubtuw:1-85237 Persistent Identifier (URN)
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Optimierung der DNAzyme-katalysierten H2O2-vermittelten Oxidation von 3,3',5,5'-Tetramethylbenzidin und deren potenziellen Anwendung für einen Aptamer basierenden Biosensor für Mykotoxine [2.17 mb]
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Zusammenfassung (Deutsch)

Afatoxine sind giftige natürliche Substanzen und eine der am häufgsten vorkommenden Mykotoxin-Verunreinigungen. Sie stellen ein hohes gesundheitliches Risiko für den Menschen dar, da sie eine Reihe von landwirtschaftlichen Rohstofen kontaminieren. Nationale und internationale Institutionen und Organisationen wie die Europäische Kommission haben daher Grenzwerte für Mykotoxine erstellt. Verschiedene Methoden zur Detektion und Quantifzierung von Afatoxinen sind bereits entwickelt worden. Einerseits werden hochentwickelte analytische Referenzmethoden wie die Flüssigchromatografe gekoppelt mit der Massenspektrometrie angewandt, andererseits wurden schnelle immunochemische Screeningverfahren entwickelt. Die Verwendung von Antikörpern hat viele Nachteile wie beispielsweise geringe Antikörperstabilität und hohe Produktionskosten. In den letzten Jahren wurde eine innovative Methode für analytische Anwendungen entwickelt, welche auf einer neuen Klasse von Molekülen basiert, sogenannten Aptameren. Aptamere sind Oligonukleotide die aufgrund ihrer dreidimensionalen Struktur mit hoher Affität und Speziftät an eine Zielsubstanz binden. Unter den Methoden die für die Umwandlung von Aptamer-Zielmolekül-Interaktionen in ein sichtbares Signal entwickelt wurden, wurde vor allem das Meerrettichperoxidase-ähnliche DNAzyme häufg zur Katalyse von chemische Reaktionen verwendet um biosensorische Ereignisse zu verstärken. DNAzymes sind katalytische Nukleinsäuren die sich wie Enzyme verhalten. Wie die Meerrettichperoxidase, kann auch das Meerrettichperoxidase-ähnliche DNAzyme die Oxidation von 3,3',5,5'-Thetramethylbenzidin (TMB) mit H2O2 als Oxidationsmittel katalysieren um ein sichtbares Signal zu produzieren. Im Gesamtprojekt wird Forschung an einer Aptamer basierenden Nachweismethode für die schnelle Detektion von Afatoxin B1 in Mais betrieben. In dieser Arbeit wurden verschiedene Faktoren der DNAzyme-katalysierten H2O2-vermittelten Oxidation von TMB untersucht und schrittweise optimiert. Zu diesen Faktoren zählen die DNA Sequenz des DNAzyme, Substratpufer, Konzentrationen von TMB, H2O2 und Hemin sowie Konzentrationsverhältnisse und Reaktionszeit. Die Verwendung von höher konzentrierter Substrat- und Stopplösung bei gleichzeitig weniger Reaktionsvolumen führte zu höheren Absorptionwerten. Weiters konnten die besten Resultate für Sensor-Entwicklungszwecke mit einem Konzentrationsverhältnis von TMB zu H2O2 von 1:3 und DNAzyme zu Hemin von 1:8 erzielt werden. Unter den getesteten Substratpufern konnten die stabilsten Ergebnisse in der Absorptionsmessung mit einem Substratpufer, der 300 mM Zitronesäure und 1 mM Kaliumsorbat enthält, erreicht werden. Außerdem scheint Acetonitril die katalytische Reaktion zu verstärken. Durch die Optimierung der DNAzyme-katalysierten H2O2-vermittelten Oxidation von TMB konnten wir eine 50-fache Sensitivitätssteigerung verglichen mit den Absorptionswerten zu Beginn der Optmierung dieser Reaktion erreichen.

Zusammenfassung (Englisch)

Afatoxins are toxic natural substances and one of the most prevalent types of mycotoxin contamination. They represent a high risk to human health as they contaminate a variety of agricultural raw materials. National and international institutions and organisations such as the European Commission have set regulatory limits for major mycotoxin classes. Several diferent methods for the detection and quantifcation of afatoxins have already been developed. On the one hand, highly sophisticated analytical reference methods like liquid chromatography coupled with mass spectrometry are applied, on the other hand, rapid screening methods based on immunochemical techniques have also been developed. Immunoassays are based on antigen-antibody interactions but the use of antibodies has many restrictions such as a low antibody stability and high costs of production. In recent years, an innovative method based on a new class of molecules, named aptamers, has been developed for analytical applications. Aptamers are specifc oligonucleotides which are able to bind to a target substance with high affnity and specifcity due to their three-dimensional, specifc structures. Among the methodologies used for transforming aptamer-target interactions into a visible signal, the horseradish peroxidase-like DNAzyme has been used frequently to catalyse chemical reactions to amplify biosensing events. DNAzymes are catalytic nucleic acids that act like enzymes and therefore represent good alternatives to enzymes. Like the horseradish peroxidase, the HRP-mimicking DNAzyme can also catalyse the oxidation of 3,3',5,5'-Thetramethylbenzidine (TMB) by the use of H2O2 as oxidising agent to produce a visible signal. In the overall project, research is done on an aptamer-based assay for the detection of a-atoxin B1 which should allow the rapid detection of this mycotoxin in maize. In this work, several factors of the DNAzyme-catalysed H2O2-mediated oxidation of TMB including the DNA sequence of the DNAzyme, substrate buffer, concentrations of TMB, H2O2 and hemin as well as the concentrations ratios and reaction time have been investigated and gradually optimised for this sensor developing purposes. The use of higher concentrated substrate and stopping solution and simultaneously less reaction volume was found to lead to higher absorbance values. Furthermore, the best results for sensor-developing purposes could be achieved when having a concentration ratio of TMB and H2O2 of 1:3 and DNAzyme and hemin of 1:8. Among the different substrate buffers tested, the most consistent results in the absorbance measurements with the lowest error rates could be achieved by using a substrate buffer containing 300 mM citric acid and 1 mM potassium sorbate. Moreover, acetonitrile was found to have the ability to enhance the catalytic reaction leading to higher absorbance values. Due to the optimisation of these factors, we were able to achieve a 50-times increase in sensitivity of the DNAzyme-catalysed H2O2-mediated oxidation of TMB compared to the beginning of the optimisation of this assay.